Šifra: 2308
Naziv Predmeta: Genomska DNA
Studijski program: Molekularne bioznanosti
Modul: Biologija
Nositelj predmeta:

naslovna doc.dr.sc.Vesna Musani, viša zn. suradnica
Ustanova nositelja predmeta:

Institut Ruđer Bošković
Suradnici – izvoditelji:
Status predmeta: Izborni kolegij
Godina u kojoj se predmet predaje: I. godina
Semestar u kojem se predmet predaje: II. semestar
Cilj predmeta:

Naučiti svojstva genomske DNA, metode i svrhu izolacije.
Sadržaj predmeta:

Upoznavanje sa svojstvima genomske DNA, metodama izolacije, metodama detekcije i analize: od lančane reakcije polimerazom (PCR), gubitka heterozigotnosti, analize jednolančanih slijedova (SSCP) i heterodupleks te sekvencioniranja.Korištenje genomskih karti i baza podataka za analizu kodirajućih i nekodirajučih dijelova genoma.
Ishodi učenja: kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija:

1. Kritički prosuditi baze podataka.
2. Analizirati gene i sekvence.
3. Dizajnirati početnice i postaviti lančane reakcije polimerazom.
4. Zaključiti na temelju analize rezultata.
ECTS bodovi 4
Predavanja 5
Seminari (IS) 5
Vježbe (E) 10
Ukupno 20
Način izvođenja nastave i usvajanja znanja:

redovito pohađanje nastave u svim oblicima izvođenja nastave, aktivno sudjelovanje, poznavanje korištenja interneta
Način izvođenja nastave i usvajanja znanja: (napomene)
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije) Pohađanje nastave, Aktivnosti u nastavi
Način ocjenjivanja: Usmeni ispit, Prikaz slučaja, Kontinuirana provjera znanja u tijeku nastave
Obvezna literatura:

Sambrook J, Fritsch EF, Maniatis T (1989) Isolation of high molecular weight DNA from mammalian Cells. U: Cold Spring Harbor Laboratory Press (ed.) Molecular cloning - a laboratory manual, 9.14-23.
HUGO consortium (2001) The human genome. Science 291: 1145-1434.
Human genome. (2001) Nature 409:745-964
Dopunska (preporučena) literatura:

1. Glavač D, Dean M (1993) Optimization of the Single Strand Conformation Polymorphism (SSCP) Technique for detection of Point Mutations. Hum Mut 2:404-414
2. Danaee T, Nelson HH, Karagas MR, Schned AR, Ashok TDS, Hirao T, Perry AE, Kelsey KT (2002) Microsatellite instability at tetranucleotide repeats in skin and bladder cancer. Oncogene21:4894-4899.
3. Phelan CM, Larsson C, Baird S, Futreal AP, Ruttledge MH, Morgan K, Tonin P, Hung H, Korneluk RG, Pollak MN, Narod SA(1996) The human mammary-derived growth inhibitor gene (MDGI):genomic structure and mutation analysis in human breast cancer. Genomics 34:63-68.
4. Watson JD, Gilman M, Witkowski J, Zoller M.(1991) Recombinant DNA. Sci Am books , W H Freeman and comp New York
5. Glavač D, Dean M (1995) Applications of heteroduplex Analysis for Mutation Detection in Disease genes. Human Mut 6: 281-287.
6. Griffiths AJE, Miller JH, Suzuki DT, Lewontin RC (1992) An introduction to genetic analysis, 5th edd. WH Freeman and comp New York
7. Johnson DR, Levanat S, Bale AE.(1995) Direct Molecular Analysis of Archival Tumor Tissue
8. for Loss of Heterozygosity. BioTechniques 19(2):190 -192.
9. Shimkets R, Gailani M, Siu V, Yang-Feng T, Pressman C, Levanat S, Goldstein A, Dean M, Bale
10. AE. (1996) Molecular Analysis of Chromosome 9q Deletions in Two Gorlin Syndrome Patients.
11. Am J Hum Genet 59:417-422.
12. Levanat S, Chidambaram A,Wicking C, Bray-Ward P, Pressman C,Toftgard R, Gailani MR, Wainwright B, Dean M, Bale AE.(1997) Pulsed-Field Gel Electrophoresis and FISH Mapping of Chromosome 9q22: Placement of a Novel Zinc Finger Gene within the NBCCS and ESS1 region. Cytogenet Cytogenet Cell Genet 76:208-213.
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):

Anketa
Uspješnost kolegija će evaluirati svake godine zajedničko stručno povjerenstvo Instituta Ruđer Bošković, Sveučilišta u Dubrovniku i Sveučilišta Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku na temelju uspjeha na ispitu i anketa.