Šifra: 2207
Naziv Predmeta: Informatički alati u molekularnim bioznanostima
Studijski program: Molekularne bioznanosti
Modul: Bioinformatika
Nositelj predmeta:

naslovni izv. prof. dr. sc. Paško Konjevoda, zn. savjetnik
Ustanova nositelja predmeta:

Institut Ruđer Bošković
Suradnici – izvoditelji:
Status predmeta: Izborni kolegij
Godina u kojoj se predmet predaje: I. godina
Semestar u kojem se predmet predaje: II. semestar
Cilj predmeta:

Upoznati studente s osnovnim informatičkim alatima koji se koriste u računalnoj biologiji te s njihovom primjenom u molekularnoj biologiji, farmaceutskoj industriji i biotehnologiji.
Sadržaj predmeta:

Teorijski dio
Područje računalne biologije i bioinformatike. Primjena računalne biologije i bioinformatike u molekularnoj biologiji, farmaceutskoj industriji i biotehnologiji. Biološke baze podataka. Slaganje sekvenci. Filogenetska analiza. Transkriptomika. Proteomika. Metabolomika. Biokemijska dinamika. Sistemska biologija. Programski jezici. Open-source programi za analizu podataka. Komercijalni programi za analizu podataka. Najčešće pogreške u analizi podataka.

Praktični dio – rad s programom Unipro UGENE
Uvod u grafičko sučelje. Učitavanje sekvenci. Anotacija sekvenci. Učitavanje i pregledavanje 3D struktura. Poslagivanje sekvenci. Filogenetska analiza. Uporaba BLAST-a. Predikcija sekundarne strukture.

Seminari
Praktična primjena računalne biologije u molekularnoj biologiji, farmaceutskoj industriji i biotehnologiji.
Ishodi učenja: kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija:

1. Predložiti uporabu informatičkih alata računalne biologije i bioinformatike u molekularnoj biologiji, farmaceutskoj industriji i biotehnologiji.
2. Primjenjivati osnovne računalne platforme i operacijske sustave.
3. Koristiti programe za analizu podataka različitih baza i formata.
4. Raditi s integriranim sustavom za analizu podataka Unipro UGENE.
ECTS bodovi 6
Predavanja 5
Seminari (IS) 5
Vježbe (E) 20
Ukupno 30
Način izvođenja nastave i usvajanja znanja:

Pohađanje nastave i aktivno sudjelovanje na seminarima.
Način izvođenja nastave i usvajanja znanja: (napomene)
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije) Aktivnosti u nastavi, Obvezan seminarski rad
Način ocjenjivanja: Usmeni ispit, Esej/Seminar, Kontinuirana provjera znanja u tijeku nastave
Obvezna literatura:

1. Hodgman TC, French A, Westhead DR. BIOS Instant Notes Bioinformatics. 2nd edition, Taylor & Francis, Abingdon, 2009.
2. Unipro UGENE Manual Version 1.20.0 (http://ugene.net/)
Dopunska (preporučena) literatura:

1. Claverie J-M, Notredame C. Bioinformatics for Dummies. 2nd edition, Wiley, Hoboken, 2007.
2. Haddock S, Dunn C. Practical Computing For Biologists. Sinauer Associates, 2010.
3. Wünschiers R. Computational Biology. 2nd edition, Springer-Verlag, Berlin, 2013.
4. Flower DR. Bioinformatics for vaccinology, Wiley-Blackwell, Hoboken, 2007.
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):

Uspješnost kolegija će evaluirati svake godine zajedničko stručno povjerenstvo Instituta Ruđer Bošković, Sveučilišta u Dubrovniku i Sveučilišta u Osijeku, a voditelji će putem ankete od polaznika dobiti informacije o primjerenosti programa i uspješnosti od strane voditeljstva.