Šifra: 1112
Naziv Predmeta: Analiza lokusa kvantitativnih svojstava
Studijski program: Molekularne bioznanosti
Modul: izborni kolegij (metodološki)
Nositelj predmeta:

naslovni izv.prof.dr.sc. Domagoj Šimić, zn. savjetnik-trajnoi izbor
Izv.prof.dr.sc. Sonja Petrović
Ustanova nositelja predmeta:

(DŠ) Poljoprivredni institut Osijek
(SP) Fakultet agrobiotehničkih znanosti, Sveučilište Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku
Suradnici – izvoditelji:
Status predmeta: Izborni kolegij
Godina u kojoj se predmet predaje: I. godina
Semestar u kojem se predmet predaje: I. semestar
Cilj predmeta:

Razumjeti analizu lokusa kvantitativnih svojstava (QTL) kao statističku metodu kombiniranja fenotipskih (mjerljiva svojstva) i genotipskih podataka (molekularni markeri) za razrješenje genetske osnove variranja kompleksnih svojstava kod biljaka i životinja i u medicini.
Sadržaj predmeta:

Kvantitativna (kompleksna) svojstva. Fenotipizacija i genotipizacija. Genetsko mapiranje. Tipovi populacija za QTL mapiranje. Broj lokusa i gena. Veličina populacije. Analiza pojedinog markera, intervalno i kompozitno intervalno mapiranje, asocijacijsko mapiranje. Analiza konkretnih podataka i slučajeva. Pregled računalnih programa za QTL analizu. Genomski resursi. Referentne populacije. Od QTL-a do gena: pozicijsko kloniranje, geni kandidati. Mapiranje i mikročipovi, ekspresijski QTL-ovi. Budući trendovi.
Ishodi učenja: kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija:

1. Objasniti osnovu genetske analize kompleksnih svojstava.
2. Povezati fenotipske i genotipske (molekularne) podatke za određeno kvantitativno svojstvo.
3. Primijeniti kvantitativne genetičke analize za kvantitativna (mjerna) svojstva.
4. Kritički odabrati relevantne literaturne izvore i znanstvene podatke bazirane na genetici kvantitativnih svojstava.
5. Planirati i izvesti istraživanja u svrhu rješenja problema iz stvarnog radnog okruženja.
ECTS bodovi 4
Predavanja 15
Seminari (IS) 5
Vježbe (E) 5
Ukupno 25
Način izvođenja nastave i usvajanja znanja:

Studenti su obavezni prisustvovati predavanjima ili konzultacijama, te pripremiti i izložiti seminarski rad.
Način izvođenja nastave i usvajanja znanja: (napomene)
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije) Pohađanje nastave, Aktivnosti u nastavi, Obvezan seminarski rad
Način ocjenjivanja: Pismeni ispit, Usmeni ispit, Esej/Seminar, Analiza objavljene publikacije, 9
Obvezna literatura:

HEDRICK, P.W., 2000. Quantifying QTLs. U: Genetics of populations. Jones and Bartlett Publishers, Boston, pp 493-499.
MILES, C., WAYNE, M., 2008. Quantitative trait locus (QTL) analysis. Nature Education 1(1). Available from: http://www.nature.com/scitable/topicpage/quantitative-trait-locus-qtl-analysis-53904
SHADT, E.E., MONKS, S.A., DRAKE, T.A., LUSIS, A.J., CHE, N., COLINAYO V., RUFF, T.G., MILLIGAN, S.B., LAMB, J.R., CAVET, G., LINSLEY, P.S., MAO, M., STOUGHTON, R.B., FRIEND, S.H , 2003. Genetics of gene expression surveyed in maize, mouse and man. Nature, 422, 297-302.
WAYNE, M.L:, MCINTYRE, L.M., 2002. Combining mapping and arraying: An approach to candidate gene identification. Proceedings of the National Academy of Sciences, 99, 14903-14906.
Dopunska (preporučena) literatura:

ANDORF, C.M., LAWRENCE, C.J., HARPER. LC, SCHAEFFER ML, CAMPBELL DA, SEN Z, 2010. The Locus Lookup tool at MaizeGDB: identification of genomic regions in maize by integrating sequence information with physical and genetic maps. Bioinformatics, 26, 434-436.
KEARSEY, M.J., 1998. The principles of QTL analysis (a minimal mathematics approach). Journal of Experimental Botany, 49, 327, 1619-1623.
ŠIMIĆ, D., MLADENOVIĆ DRINIĆ, S., ZDUNIĆ, Z., JAMBROVIĆ, A., LEDENČAN, T., BRKIĆ, J., BRKIĆ, A., BRKIĆ, I., 2012. Quantitative trait loci for biofortification traits in maize grain. Journal of Heredity, doi: 10.1093/jhered/esr122.
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):

Uspješnost kolegija će evaluirati svake godine zajedničko stručno povjerenstvo Instituta Ruđer Bošković, Sveučilišta u Dubrovniku i Sveučilišta Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku na temelju uspjeha na ispitu i anketa.