Šifra: | 2205 |
Naziv Predmeta: | Strukturna bioinformatika proteina i bioaktivnih molekula |
Studijski program: | Molekularne bioznanosti |
Modul: | Bioinformatika |
Nositelj predmeta: | naslovni izv. prof. dr. sc. Bono Lučić, zn. savjetnik |
Ustanova nositelja predmeta: | Institut Ruđer Bošković |
Suradnici – izvoditelji: | |
Status predmeta: | Izborni kolegij |
Godina u kojoj se predmet predaje: | I. godina |
Semestar u kojem se predmet predaje: | II. semestar |
Cilj predmeta: | Usvojiti opća načela modeliranja svojstava i aktivnosti proteina i bioaktivnih molekula kao i znanja potrebna za praćenje i kritičku analizu znanstvenih rezultata u tom području. Osamostaliti studente za provedbu modeliranja svojstva ili aktivnosti izabranoga skupa bioaktivnih molekula ili proteina. |
Sadržaj predmeta: | Pregled metoda za modeliranje svojstava i stukture proteina i bioaktivnih molekula. Algoritmi za izbor modela. Izbor reprezentativnog skupa poteina i bioaktivnih molekula za analizu, i uključivanje sličnosti. Opisivanje strukturnih posebnosti skupa proteina i bioaktivnih molekula s pomoću molekularnih strukturnih deskriptora. Parametri kvalitete modela s obzirom na provedbu postupka učenja i provjeru točnosti predviđanja modela. Parametri točnosti modela u postupku prilagodbe, križne provjere, i vanjske provjere. Pregled točnosti postojećih metoda u predviđanju farmakoloških svojstava bioaktivnih molekula i svojstava i stukture proteina. Modeliranje sekundarne strukture, konstanti savijanja i razmotavanja proteina, stukturalne klase, udjela sekundarne strukture, položaja proteina u stanici, i drugih globalnih svojstava proteina. Modeliranje 3D strukture na temelju sličnosti. Modeliranje strukture i topologije membranskih proteina. Pregled baza podataka i poslužitelja za modeliranje u strukturnoj bioinformatici, i njihovo korištenje. Modeliranje fizikalno-kemijskih svojstava (topljivost, lipofilnost, transport, apsorpcija), biološke aktivnosti i toksičnosti bioaktivnih molekula. |
Ishodi učenja: kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija: | 1. Utvrditi osnovna načela modeliranja svojstava i aktivnosti proteina i bioaktivnih molekula. |
ECTS bodovi | 6 |
Predavanja | 5 |
Seminari (IS) | 5 |
Vježbe (E) | 20 |
Ukupno | 30 |
Način izvođenja nastave i usvajanja znanja: | |
Način izvođenja nastave i usvajanja znanja: (napomene) | Redovito pohađanje nastave uz mogući opravdani izostanak do 3 sata nastave. Student je obvezan održati manji seminar temeljen na pregledu literature. Na koncu predavanja student treba provesti analizu odabranoga skupa proteina ili bioaktivnih molekula uz pomoć nositelja predmeta. |
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije) | Pohađanje nastave, Obvezan seminarski rad, Vježba ili case study |
Način ocjenjivanja: | Usmeni ispit, Prikaz slučaja, Projekt |
Obvezna literatura: | 1. D. J. Livingstone: “Data Analysis for Chemists – Application to QSAR and Chemical Product Design” Oxford Univerity Press, UK, 1995. Najvažniji znanstveni i radovi iz područja stukturne bioinformatike i modeliranja svojstava proteina i bioaktivnih molekula: |
Dopunska (preporučena) literatura: | 1. 1. C. Gibas; P. Jambeck: “Developing Bioinformatics Computer Skills” O'Reilly and Assoc. Inc., Sebastopol, CA, USA, 2001. |
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija): | Upitnici nakon održanih 10 sati i na kraju predavanja/vježbi. Rasprava sa studentima i kolegama. Praćenje napredovajna svakoga studenta. Uspješnost kolegija evaluirat će svake godine zajedničko stručno povjerenstvo Instituta "Ruđer Bošković", Sveučilišta u Dubrovniku i Sveučilišta u Osijeku. |