Šifra: 1116
Naziv Predmeta: Metode molekularne dijagnostike u detekciji multirezistentnih bakterija
Studijski program: Molekularne bioznanosti
Modul: izborni kolegij (metodološki)
Nositelj predmeta:

Izv.prof.dr.sc. Domagoj Drenjančević
Ustanova nositelja predmeta:

Sveučilište J. J. Strossmayera u Osijeku, Medicinski fakultet Osijek
Suradnici – izvoditelji:

naslovna doc.dr.sc. Mirjana Suver Stević, zn. suradnica
Dr.sc. Maja Bogdan, zn. suradnica
Status predmeta: Izborni kolegij
Godina u kojoj se predmet predaje: I. godina
Semestar u kojem se predmet predaje: I. semestar
Cilj predmeta:

Razumjeti najnovije molekularne dijagnostičke metode u istraživanju i detekciji multirezistentnih bakterija, metode molekularne epidemiologije i genotipizacije bakterija te spoznati primjenu molekularnih metoda detekcije u kliničkoj dijagnostičkoj praksi.
Sadržaj predmeta:

Evolucija rezistencije i značaj multirezistentnih bakterija u nastanku globalne prijetnje. Uloga pravovremene detekcije i nadzora nad širenje rezistentnih determinanti među bakterijskom populacijom. Genetske osnove za nastanka antimikrobne rezistencije. Gentotipizacija bakterija: gel-elektroforeza u pulsirajućem polju (pulsed-field gel electrophoresis, PFGE), analiza sekvenci više gena (multilocus sequence typing, MLST) i analiza lokusa koji sadrže različiti broj uzastopnih ponavljanja (multiple locus variable number of tandem repeat analysis, MLVA) . Laboratorijska dijagnostika multirezistentnih bakterija. Fenotipske vs. genotipske metode u detekciji multirezistentnih uzročnike - prednosti i nedostatci. Prikaz molekularnih metoda u detekciji rezistentnih bakterija: amplifikacijske metode temeljene na lančanoj reakcija polimeraze (PCR) - „konvencionalni“ PCR, real-time PCR i komericijalni RT-PCR kitovi, multiplex PCR, polimorfizam dužine restrikcijskh fragmenta (restriction fragment length polymorphism RFLP), DNA probe-based hibridizacijski eseji, kombinirani eseji (DNA probe-based + PCR, PCR+ELISA). Sekvencioniranje genoma u detekciji bakterijske rezistencije i nova generacija sekvencioniranja visoke propusnosti (high-throughput sequencing). Tehnologija genskih nizova (Microarray technology) u detekciji multirezistentnih bakterija. Nove metode u brzoj detekciji i identifikaciji multirezistentnih bakterija: Pyrosequencing® tehnologija, Liquid array i matrix-associated laser desorption ionization-time of flight (MALDI-TOF) – mogućnosti primjene i budući smjerovi.
Ishodi učenja: kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija:

1. Analizirati metode genotipizacije i molekularne dijagnostike multirezistentnih bakterija.
2. Preispitati primjenu i značaj metoda genotipizacije i molekularne dijagnostike multirezistentnih bakterija u nadzoru nad širenjem bakterijske rezistencije.
3. Predložiti primjenu metoda genotipizacije i molekularne dijagnostike u biomedicinskim istraživanjima u području mikrobiologije i infektivnih bolesti.
ECTS bodovi 4
Predavanja 15
Seminari (IS) 10
Vježbe (E) 0
Ukupno 25
Način izvođenja nastave i usvajanja znanja:

Pohađanje nastave i aktivno sudjelovanje na seminarima.
Način izvođenja nastave i usvajanja znanja: (napomene)
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije) Aktivnosti u nastavi, Obvezan seminarski rad
Način ocjenjivanja: Usmeni ispit, Esej/Seminar, Kontinuirana provjera znanja u tijeku nastave
Obvezna literatura:

1. Diagnostic Bacteriology Protocols 2nd edition, L. O’Connor (Ed.) Series: Methods in Molecular Biology, Vol. 345. Humana Press; New Jersey: 2006.
2. Sundsfjord A, Simonsen GS, Haldorsen BC, Haaheim H, Hjelmevoll SO, Littauer P et al. Genetic methods for detection of antimicrobial resistance. APMIS 2004;112:815-37.
3. Espy MJ, Uhl JR, Sloan LM, Buckwalter SP, Jones MF, Vetter EA et al. Real-time PCR in clinical microbiology: applications for routine laboratory testing. Clin Microbiol Rev 2006;19:165-256.
4. Fluit AC, Visser MR, Schmitz FJ. Molecular detection of antimicrobial resistance. Clin Microbiol Rev 2001;14:836-71.
5. Lecuit M, Eloit M. The diagnosis of infectious diseases by whole genome next generation sequencing: a new era is opening. Front Cell Infect Microbiol 2014 6;4:25.
6. Tuite N, Reddington K, Barry T, Zumla A, Enne V. Rapid nucleic acid diagnostics for the detection of antimicrobial resistance in Gram-negative bacteria: is it time for a paradigm shift?J Antimicrob Chemother 2014;69:1729-33.
7. Osei Sekyere J, Govinden U, Essack SY. Review of established and innovative detection methods for carbapenemase-producing Gram-negative bacteria. J Appl Microbiol 2015;119:1219-33.
8. Hrabák J1, Chudácková E, Walková R.Matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight (maldi-tof) mass spectrometry for detection of antibiotic resistance mechanisms: from research to routine diagnosis. Clin Microbiol Rev. 2013;26:103-14.
9. Card RM, Warburton PJ, MacLaren N, Mullany P, Allan E, Anjum MF. Application of microarray and functional-based screening methods for the detection of antimicrobial resistance genes in the microbiomes of healthy humans. PLoS One. 2014 22;9(1):e86428.
Dopunska (preporučena) literatura:

1. Singh A, Goering RV, Simjee S, Foley SL, Zervos MJ. Application of molecular techniques to the study of hospital infection. Clin Microbiol Rev. 2006;19:512-30.
2. Antibiotic Resistance, Methods and Protocols. Stephen H. Gillespie, editor. Series: Methods in Molecular Biology, Vol. 48. Humana Press; New Jersey: 2001.
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):

Uspješnost kolegija će evaluirati svake godine zajedničko stručno povjerenstvo Instituta Ruđer Bošković, Sveučilišta u Dubrovniku i Sveučilišta u Osijeku, a voditelji će putem ankete od polaznika dobiti informacije o primjerenosti programa i uspješnosti od strane voditeljstva.