Vizualizacija u bioinformatici (2202)

naslovni prof.dr.sc. Karolj Skala, zn. savjetnik-trajni izbor
Prof.dr.sc. Irena Galić

Institut Ruđer Bošković, Zagreb

Stvoriti koherentnu programsku cjelinu unutar generičnog modula Bioinformatika primjenom novih tehnika i tehnologije u multidisciplinarnom znanstvenoistraživačkom i stručnom radu.

Sadržaj predavanja
Sučelje čovjek-računalo i vizualizacija. Tehnika računalno podržane znanstvene vizualizacije. Multimedijske grafičke komunikacije. Elementi web grafičkih sučelja. Metode distribuirane bioinformatike. Grid računarstvo i vizualizacija podataka. Metode prikupljanja, segmentiranja, filtriranja i prikazivanja vizualnih podataka. Razmatranje primjene različite vizualizacijske tehnike i tehnologije kod analize sekvencijalnih podataka, kategoričkih podataka i numeričkih podataka. Programerske tehnike za razvoj grafičkih podataka i njihova vizualizacija. 3D strukturalna bioinformatička vizualizacija. Višedimenzijski vizualizacijski alati. Digitalno procesiranje i statističke metode analize informacije u slici. Statistička vizualna analiza. Klasifikacija i prepoznavanje slikovnih sadržaja. Prostorni statistički model. Prostorne frekvencije, korelacije i strukturalna ekstrakcija. Metode analize slike DNA mikronizova (microarrays). Dizajn i implementacija bioinformatičkog vizualizacijskog sustava. Tehnologija vizualne mrežne integracije. Prikaz multimedijske telekonferencije, telemedicine i VO (Virtual Organization) kao primjene mrežne suradnje u medicini i istraživanju.
Sadržaj vježbi:
Praktičan rad korištenjem programa Matlab na konkretnim zadacima. Primjena NMR i suvremene mikroskopske instrumentacije u sklopu praktičnih zadataka. Vježbe na bioinformatičkim Grid aplikacijama, koristeći EGEE e-Science infrastrukturu. Rad se odvija u manjim skupinama na konkretnim zadacima na suvremenoj Grid (računalno-mtrežno) infrastrukturi.

1. Koristiti nove vizualizacijske tehnike i tehnologije te suvremene programske alate.
2. Dizajnirati prijedloge rješenja konkretnih problema u medicini i računalnoj biologiji.
3. Primjenjivati suvremene ICST tehnologije na Grid platformi unutar ERA (European Research Area).
4. Valorizirati uporabu novih tehnika i tehnologije u multidisciplinarnom znanstvenoistraživačkom i stručnom radu.

svi oblici nastave i ostalih aktivnosti prema unaprijed objavljenom kriteriju.

Koristit će se znanstvena oprema za vizualizaciju iz znanstvenoistraživačkog programa i Grid infrastruktura u ERA sustavu.

[1] K.Skala, Optoelektronički sustavi,2003.
[2] Bryan Bergeron, Bioinformatics Computing,HMD, 2003.
[3] Multimedijski referalni centar URL: www.carnet.hr/obrazovni/referalni/imme 2004.

[4] Zoe Lacroix, Bioinformatics: Managing the dana, 2004.
[5] Cynthia Gibas, Per Jambeck, Developing Bioinformatics Computer Skills, 2003

U sklopu WebCT-a, testova, anketa.
Uspješnost kolegija će evaluirati svake godine zajedničko stručno povjerenstvo Instituta Ruđer Bošković, Sveučilišta u Dubrovniku i Sveučilišta Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku na temelju uspjeha na ispitu i anketa.