Šifra: 2510
Naziv Predmeta: Strukturna genomika
Studijski program: Molekularne bioznanosti
Modul: Biologija biljaka
Nositelj predmeta:

naslovni prof.dr.sc. Miroslav Plohl, zaslužni znanstvenik
naslovna doc.dr.sc. Eva Šatović
Ustanova nositelja predmeta:

Institut Ruđer Bošković
Suradnici – izvoditelji:
Status predmeta: Izborni kolegij
Godina u kojoj se predmet predaje: I. godina
Semestar u kojem se predmet predaje: II. semestar
Cilj predmeta:

Razumjeti opća načela organizacije i funkcije eukariotskog genoma s posebnim naglaskom na specifičnosti genomske organizacije kod biljaka te shvatiti osobitosti evolucije biljnog genoma.
Sadržaj predmeta:

1. Opća svojstva eukariotskog genoma. Strukturna genomika i projekti sekvenciranja genomske DNA. 2. Klasifikacija sekvenci DNA prema funkciji (kodirajuće i nekodirajuće) i zastupljenosti u genomu. Suvremeni koncepti razumijevanja uloge ponovljenih sekvenci DNA i njihove genomske razdiobe s obzirom na globalnu organizaciju i funkciju eukariotskog genoma. 3. Transponirajući elementi i njihove moguće uloge u funkcioniranju i evoluciji genoma. 4. Struktura i organizacija sekvenci DNA u pojedinim genomskim odjeljcima, eukromatinu i heterokromatinu. 5. Histonski kod i epigenetska razina naslijeđivanja. Struktura centromernih i telomernih genomskih područja. 6. Prostorna organizacija interfazne jezgre s obzirom na pojedine tipove sekvenci DNA i funkcioniranje genoma kao cjeline. 7. Biljni modelni organizmi u genomskim studijama (na primjer, Arabidopsis, riža, kukuruz). Organizacijske i evolucijske specifičnosti biljnih genoma (također i s obzirom na veličinu genoma, razinu ploidije, međuvrsnu hibridizaciju, introgresiju i slično). Usporedbe s životinjskim genomima.
Ishodi učenja: kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija:

1. Utvrditi osnovna načela strukture eukariotskog genoma te razloge i funkcionalne posljedice takve organizacije.
2. Zaključiti o ulozi različitih tipova sekvenci DNA i epigenetskih čimbenika u eukariotskom genomu s posebnim naglaskom na centromerna i telomerna područja.
3. Prosuditi o problemima dovršenosti genomskih projekata s obzirom na strukturu i organizaciju ponovljenih sekvenci DNA.
4. Analizirati rezultate proučavanja genomske organizacije u biljnim modelnim organizmima primjenom znanstvene literature vezane uz genomsku strukturu i funkciju.
ECTS bodovi 4
Predavanja 5
Seminari (IS) 5
Vježbe (E) 10
Ukupno 20
Način izvođenja nastave i usvajanja znanja:

pohađanje nastave (opravdani izostanak do 2 sata), analiza objavljene publikacije, seminarski rad
Način izvođenja nastave i usvajanja znanja: (napomene)
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije) Pohađanje nastave, Aktivnosti u nastavi, Obvezan seminarski rad
Način ocjenjivanja: Usmeni ispit, Esej/Seminar, Analiza objavljene publikacije, Kontinuirana provjera znanja u tijeku nastave
Obvezna literatura:

Obvezna literatura će se temeljiti na najnovijim preglednim radovima objavljenim u uglednim znanstvenim časopisima te radovima u knjigama.
Primjer:
1. Meštrović N, Mravinac B, Pavlek M, Vojvoda-Zeljko T, Šatović E, Plohl M. (2015) Structural and functional liaisons between transposable elements and satellite DNAs. Chromosome Res. 23:583-596.
2. Plohl M, Meštrović N, Mravinac B. (2014) Centromere identity from the DNA point of view. Chromosoma, 123:313-325.
3. Repetitive DNA. (2012) Garrido-Ramos MA (ed). Genome Dynamics Karger, Basel, Švicarska.
4. Torras-Llort M, Moreno-Moreno O, Azorín F (2009) Focus on the centre: the role of chromatin on the regulation of centromere identity and function. EMBO J. 19:2337-2348
5. Driel, R., Fransz, P. (2004) Nuclear architecture and genome functioning in plants and animals: what can we learn from both? Exp. Cell res. 296, 86-90.
Dopunska (preporučena) literatura:

Dopunska literatura će se temeljiti na odabranim originalnim znanstvenim radovima objavljenim u uglednim znanstvenim časopisima.
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):

Uspješnost kolegija će evaluirati svake godine zajedničko stručno povjerenstvo Instituta Ruđer Bošković, Sveučilišta u Dubrovniku i Sveučilišta Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku na temelju uspjeha na ispitu i anketa.