Šifra: 1110
Naziv Predmeta: Bioinformatika za početnike
Studijski program: Molekularne bioznanosti
Modul: izborni kolegij (metodološki)
Nositelj predmeta:

Izv.prof.dr.sc. Andrijana Rebekić
Ustanova nositelja predmeta:

Fakultet agrobiotehničkih znanosti, Sveučilište Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku
Suradnici – izvoditelji:
Status predmeta: Izborni kolegij
Godina u kojoj se predmet predaje: I. godina
Semestar u kojem se predmet predaje: I. semestar
Cilj predmeta:

Usvojiti osnovne koncepte potrebe za nadogradnju i usvajanje znanja i vještina u području naprednije bioinformatike koja zahtjeva primjenu racunala te razumijevanje algoritama i programiranja.
Sadržaj predmeta:

Dio I Bioinformatika upotrebom web preglednika (web browser)
Svrha: Nauciti studente gdje i kako mogu doci do informacija
1.1. Sto je dostupno na mrezi i pod kojim uvjetima?
1.2. PubMed, PubChem i databaze sekvenci
1.3. Bioinformatika s jednom sekvencoma
1.3.1. DNA sekvenca
1.3.2. Proteinska sekvenca
1.4. Bioinformatika s vise sekvenci - komparacija sekvenci
1.4.1. DNA sekvence
1.4.2. Proteinske sekvence
1.5. Specijalizirane base podataka

Dio II Bioinformatika upotrebom izvanmreznog racunala
Svrha: Nauciti studente kako maksimalno iskoristiti informacije sakupljene na mrezi
2.1. Osobno racunalo kao bioinformaticka racunalska stanica
2.1.1. Windows, Mac ili Linux?
2.2. Prebacivanje rutinskih i repetitivnih zadataka na racunalo
2.2.1. Sto je programiranje?
2.2.2. Sto je Perl?
2.3. Gotovi bioinformaticki programi za osobno racunalo

Dio III Bioinformatika kroz prakticne primjere
Svrha: Pokazati vaznost bioinformatike za prakticne probleme
3.1. Analiza BLAST izvjestaja
3.2. Analiza paraloga
3.3. Analiza ortologa
3.4. Analiza SNP
Ishodi učenja: kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija:

1. Predvidjeti ulogu bioinformatike u razvoju metoda i alata za razumijevanje i analizu bioloških podataka.
2. Objasniti osnovne principe relacijskog modela podataka (primarni i sekundarni ključevi, referencijalni integritet baze podataka.
3. Riješiti probleme prepoznate u radnom okruženju te argumentirati rješenje i odluku donesenu na osnovu analiza bioloških podataka.
4. Procijeniti relevantnu literaturu koristeći različite baze podataka te kritički tumačiti znanstvene podatke iz područja bioinformatike.
ECTS bodovi 4
Predavanja 20
Seminari (IS) 5
Vježbe (E) 0
Ukupno 25
Način izvođenja nastave i usvajanja znanja:
Način izvođenja nastave i usvajanja znanja: (napomene)
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije)
Način ocjenjivanja:
Obvezna literatura:

1. Gibas, C., Jambeck, P., „Developing Bioinformatics Computer Skills“, O’Reilly, 2001
2. http://en.wikipedia.org/wiki/Biological_database
Dopunska (preporučena) literatura:

1. Molecular Biology of the Gene. J.D. Watson et al., 5th Ed. B. Cummings 2004
2. Bioinformatics. Mount, D., 2nd Ed., Cold Spring Harbour Laboratory Press, 2004
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):

- izrada web stranice sa nastavnim materijalom
- anonimna anketa o kvaliteti i sadržaju nastave, studentske sugestije za poboljsanje