Šifra: 2515
Naziv Predmeta: Analiza genetske raznolikosti biljaka
Studijski program: Molekularne bioznanosti
Modul: Biologija biljaka
Nositelj predmeta:

naslovni izv.prof.dr.sc. Domagoj Šimić, zn. savjetnik-trajni izbor
Izv.prof.dr.sc. Sonja Petrović
Ustanova nositelja predmeta:

(DŠ) Poljoprivredni institut Osijek
(SP) Fakultet agrobiotehničkih znanosti, Sveučilište Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku
Suradnici – izvoditelji:
Status predmeta: Izborni kolegij
Godina u kojoj se predmet predaje: I. godina
Semestar u kojem se predmet predaje: II. semestar
Cilj predmeta:

Poduprijeti postojeća saznanja te steći nova znanja i razviti nove vještine iz područja analize genetske raznolikosti biljaka na konkretnim podatcima.
Sadržaj predmeta:

Predmet obuhvaća sljedeća poglavlja: (1) Definicija i značaj genetske raznolikosti biljaka, (2) Definicija polimorfizma, (3) Domestikacija i svojstva biljaka (vrsta, podvrsta, divlji/udomaćeni ekotip, populacija, kultivar), (4) Gubitak genetske raznolikosti i posljedice, (5) Banke biljnih gena, (6) Fenotip/Genotip, (7) Izbor i kriteriji izbora biljnih gena, (8) Procjena genetske raznolikosti, (9) Metode procjene genetske raznolikosti (frekvencija alela, genetske distance), (10) Mjere genetske raznolikosti (rata polimorfizma, proporcija polimorfnih lokusa, broj alela, očekivana heterozigotnost/populacije, jedinke), (11) Upotreba markera u procjeni raznolikosti (morfološki, molekularni/ kodominantni, dominantni), (12) Analiza rezultata procjenjene divergentnosti (dendrogrami, PCoA), (13) Pregled računalnih programa za procjenu raznolikosti, (14) Budući trendovi.
Ishodi učenja: kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija:

1. Samoprocijeniti usvojenost novog znanja iz područja molekularne analize genetske raznolikosti biljaka.
2. Procjeni genetsku raznolikost unutar i između populacija.
3. Izračunati genetsku distancu za procjenu odnosa unutar proučavanog uzorka te slikovito prikazati dobivene rezultate.
4. Analizirati postojeće raspoložive genetske izvore i računalne programe za procjenu molekularne raznolikosti.
ECTS bodovi 6
Predavanja 20
Seminari (IS) 5
Vježbe (E) 5
Ukupno 30
Način izvođenja nastave i usvajanja znanja:

Studenti su obavezni redovito pohađati predavanja (ili doći na konzultacije), aktivno sudjelovati u izvođenju vježbi, te pripremiti i izložiti seminarski rad.
Način izvođenja nastave i usvajanja znanja: (napomene)

Za izvođenje dijela nastave potrebna je dostupnost računalu/Internetu.
Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije) Aktivnosti u nastavi, Obvezan seminarski rad
Način ocjenjivanja: Usmeni ispit, Esej/Seminar, Analiza objavljene publikacije, 9
Obvezna literatura:

De Vicence MC, Fulton T (2000-2004) Volume 1, Using molecular marker technology in studies on plant genetic diversity, Learning module. International Plant Genetic Resources Institute, Rome, Italy, Institute for Genomic Diversity, Cornell University, Ithaca, NY, USA
De Vicence MC, Lopez C, Fulton T (2000-2004) Volume 2, Genetic diversity analysis with molecular marker data, Learning module. International Plant Genetic Resources Institute, Rome, Italy, Universidad Nacional Agraria „La molina“, Peru, Institute for Genomic Diversity, Cornell University, Ithaca, NY, USA
Mondini, L., Noorani, A., & Pagnotta, M. A. (2009). Assessing plant genetic diversity by molecular tools. Diversity, 1(1), 19-35
Dopunska (preporučena) literatura:

Znanstveni časopisi: Euphytica, Genetics, Genetic Resources and Crop Evolution, Heredity, Nature, Plant Genetic Resources, Plant Diversity and Evolution, Teoretical and Applied Genetics
Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):

Uspješnost izvedbe predmeta procjenjivat će svake godine zajedničko stručno povjerenstvo Instituta Ruđer Bošković, Sveučilišta u Dubrovniku i Sveučilišta Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku na temelju uspjeha na ispitu i upitnika o primjerenosti sadržaja i uspješnosti predavača koji popunjavaju studenti.